Σε επίπεδο δήμων, η ΝΔ – όπως και στις πρόσφατες εθνικές εκλογές – ήταν πρώτη στους 4 από τους 5 δήμους του νομού (Αμαρίου, Ανωγείων, Αγίου Βασιλείου και Ρεθύμνου). Εξαίρεση ο δήμος Μυλοποτάμου, όπου το ΠΑΣΟΚ είναι πρώτο με 34,70% και η ΝΔ δεύτερη με 32,78%.
